FC Unirea Alba Iulia s-a înfiinţat în anul 1924, prin fuziunea Clubului Sportiv Alba Iulia cu echipa Liceului Mihai Viteazul Alba Iulia. La început a purtat denumirea de „Unirea Mihai Viteazul”. După 10 ani de la fondare participă la prima ediţie a Diviziei B, unde ocupă locul 6. Se menţine în a doua divizie până în 1939, când retrogradează, pentru a reveni apoi în Divizia B în anul 1942. Rămâne din nou timp de doi ani pe a doua scenă fotbalistică a ţării, pentru ca apoi să retrogradeze din nou. În finalul sezonului 1946/1947 o găsim pe Unirea Mihai Viteazul în Divizia C pe locul 9, retrogradabil. În acelaşi an 1947 se schimbă denumirea formaţiei în FC Unirea Alba Iulia. Până în 1970, Unirea activează în campionate regionale, sub nivelul primelor trei divizii fotbalistice din România. În 1970 promovează în Divizia C, pentru ca apoi după alte 9 sezoane să acceadă în Divizia B. Urmează o perioadă în care formaţia albaiuliană se perindează între Divizia B şi C, astfel: la sfârşitul sezonului 1979/1980 retrogradează în Divizia C, unde joacă timp de patru ani, apoi promovează în Divizia B. După doi ani retrogradează din nou, pentru ca după alţi doi ani să revină în a doua divizie.

Anul 1988 vesteşte începutul unei noi ere fotbalistice la Alba Iulia. Unirea devine în următorii ani o forţă la nivelul ligii secunde din România, astfel că în sezonul 1990/1991 reuşeşte cea mai mare performaţă de până atunci a clubului. Echipa condusă din teren de senzaţionalul Neluţu Popa elimină pe Steaua Bucureşti în sferturile Cupei României, pentru ca apoi să cedeze în semifinale în faţa Universităţii Craiova, după o dublă memorabilă (0-4 la Craiova şi 3-0 la Alba Iulia). În sezonul 1993/1994 FC Unirea Alba Iulia este aproape de o promovare istorică în Divizia A, însă ocupă doar poziţia secundă, fiind devansată cu 7 puncte de către FC Maramureş Baia-Mare. În următorii ani, echipa rămâne în a două ligă fotbalistică a ţării. Anul 1997 aduce o nouă redenumire a formaţiei, astfel că FC Unirea devine FC Apulum Unirea Alba Iulia. La sfârşitul secolului XX găsim formaţia albaiuliană zbătându-se pentru evitarea retrogradării, obiectiv îndeplinit de fiecare dată la limită.

Anul 2002 aduce la Alba Iulia o infuzie de jucători de la Minaur Zlatna, în frunte cu antrenorul Aurel Şunda. Acesta reuşeşte să clădească la Alba Iulia o echipă redutabilă, băzându-se pe un trio redutabil Maier-Paleacu-Găldeanu, care vor aduce atât de mult visata promovare în Divizia A. FC Apulum Unirea Alba Iulia defilează aşadar în sezonul 2002/2003 al Diviziei B, Seria a II-a şi reuşeşte să termine pe fotoliul de lider, având un avans de 8 puncte faţă de ocupanta locului secund, FC Oradea.

Dată ca şi victimă sigură, nou-promovata echipă albaiuliană reuşeşte minunea şi în scurt timp devine „campioana deplasărilor”. Încheie sezonul 2003/2004 al Diviziei A pe un onorant loc 6, stabilind astfel cea mai mare performanţă a clubului. Din păcate, lipsa stabilităţii financiare îşi pune serios amprenta pe evoluţia echipei în sezonul următor al Diviziei A, în care echipa ocupă doar locul 14, ultimul retrogradabil.